Né à Lausanne le 10 novembre 1862, Albert Naef s'engage à 17 ans comme cadet dans la marine impériale allemande! Il y renonce cependant rapidement, voyage en Europe et s'établit à Paris en 1884. En 1885, il est élève à l'Ecole des Beaux-Arts, puis s'oriente vers l'archéologie monumentale et fréquente l'Ecole du Louvre. Archéologue en Haute-Normandie, il est nommé en 1890 professeur d'histoire de l'art à l'Ecole des Beaux-Arts du Havre. En 1894, il rentre à Lausanne et en 1897 le Canton de Vaud lui confie la restauration du château de Chillon. Pierre par pierre, le château qui redevient alors une île est nettoyé, analysé et décrit par Albert Naef qui lui consacre l'essentiel de son temps pendant vingt ans.

L'activité d'Albert Naef ne se limite pas cependant à Chillon. Pour assurer la sauvegarde et la restauration adéquate des édifices anciens, soutenu par les associations qui se créent alors dans le même souci de conservation du patrimoine (Pro Aventico 1885, Vieux-Lausanne 1898, etc.), Albert Naef œuvre pour l'élaboration d'une loi sur la protection du patrimoine. Elle est votée le 10 septembre 1898 et le Canton de Vaud fait œuvre de pionnier en la matière. Nommé archéologue cantonal, poste qu'il occupera jusqu'en 1934, Albert Naef a conjointement avec une commission permanente de spécialistes la responsabilité du classement des monuments, la protection et la surveillance des fouilles archéologiques, des travaux de restauration, etc.

En 1914, à la mort d'Aloys de Molin, Albert Naef prend la direction du Musée historique et du Cabinet des Médailles. Surchargé de mandats ou d'expertises – il est entre autres appelé par le pape pour la restauration de la chapelle des gardes suisses au Vatican, sollicité par Guillaume II de donner son avis sur les travaux de collègues allemands, prié par les communes vaudoises de se prononcer vite sur la rénovation de tel ou tel édifice et il s'occupe encore de la restauration de Romainmôtier, de Saint-Sulpice, etc. Albert Naef délègue le soin des musées aux conservateurs en place. Depuis 1909, Albert Naef enseigne l'histoire de l'art à l'Université de Neuchâtel; en 1914, il reprend l'enseignement d'Aloys de Molin à l'Université de Lausanne.

Albert Naef meurt à Lausanne le 8 janvier 1936.

Claire Huguenin, La cheville ouvrière du projet Albert Naef (1862-1936) / Jalons biographiques, in Autour de Chillon, archéologie et restauration au début du siècle, sous la dir. de Denis Bertholet, Olivier Feihl, Claire Huguenin, Lausanne, 1998; Olivier Robert, Francesco Panese, Dictionnaire des professeurs de l'Université de Lausanne dès 1890, Lausanne, 2000, p. 902-903; † Albert Naef (1862-1936), in Revue historique vaudoise, 1936, p. 61-63; 24 Heures, 2015/10/24-5, p. 22 [BCU15/DOV/bs/2015/11]

1914: Albert Naef prend la direction du Musée historique et du Cabinet des Médailles succédant à Aloys de Molin, Albert Naef dirige ces institutions jusqu'à sa retraite en 1934 Voir les coupures de presse concernant Albert Naef dans les Archives du Temps.